Podatku naliczonego nie odliczymy także w sytuacjach, w których faktura VAT dokumentuje czynności nieważne, czyli np. takie, które nie miały miejsca czy faktury z niepoprawnie wykazanymi kwotami. Jednakże Europejski Trybunał Sprawiedliwości w jednym ze swych wyroków przedstawił pogląd, że w przypadkach transakcji, w których podatnik nie miał pojęcia, iż została ona dokonana z zamiarem popełnienia przestępstwa przez sprzedającego – prawo odliczenia podatku VAT nie podlega w tym momencie ograniczeniu. Trzeba jednak solidnie wykazać, iż dokonując zakupu towaru bądź usługi świadomie nie braliśmy udziału w nielegalnej transakcji mającej na celu dokonanie oszustwa w podatku VAT.
Innego zdania jest Najwyższy Sąd Administracyjny, który w wyroku z marca 2011 roku orzekł, że podatnik nie ma prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur dokumentujących nierealne zdarzenia gospodarcze. Sprawa dotyczyła podatnika, któremu podczas kontroli organy podatkowe zakwestionowały, że ilości i wartości wykazane na fakturach odbiegają od rzeczywistych. W wyniku czynności sprawdzających stwierdzono, że sprzedający w jakimkolwiek stopniu nie wykonał usług wykazanych na swoim dokumencie sprzedaży. Mało tego, cena wykonania tych usług została znacznie zawyżona w porównaniu z cenami rynkowymi. W związku z tym prawo odliczenia podatku VAT w takich przypadkach zawsze zostaje zakwestionowane na podstawie art. 86 ust. 1 i 2 oraz art. 88 ust. 3a pkt 4 lit a) i b) Ustawy o podatku od towarów i usług. Oczywiście ma to miejsce wówczas kiedy zebrany przez organy skarbowe materiał dowody jednoznacznie pozwala określić, że wystawiona faktura VAT nie jest zgodna z rzeczywistym stanem, a jedynie dokumentuje fałszywe zdarzenie gospodarcze.
W obrocie gospodarczym dość powszechnym zjawiskiem jest to, że podatnik z różnych powodów otrzymuje inną ilość towaru niż wykazana została na fakturze. W takiej sytuacji faktura taka odzwierciedla realną operację gospodarczą lecz rozbieżną co do wartości i ilości. Zazwyczaj takie sytuacje rozstrzygane są przez kontrahentów poprzez stosowne uzgodnienia, jak na przykład wystawienie faktury korygującej czy dosłanie brakującej ilości towaru. Wówczas podatnik ma prawo z takiej faktury odliczyć podatek VAT bądź z jej części dokumentującej rzeczywiste zdarzenie gospodarcze. Zabronione jest także odliczanie podatku VAT z faktur dokumentujących czynności. o których mowa w art.58 Kodeksu cywilnego, to znaczy takich, które nie są zgodne z ustawą bądź służą obejściu jej przepisów, chyba że stosowny przepis ma na celu wywołanie innego skutku, a zwłaszcza takiego, który na miejsce postanowień czynności prawnej nie mającej znaczenia wprowadza inne adekwatne normy ustawy. Czynnościami nieważnymi są również takie czynności prawne, które nie są zgodne z zasadami współżycia społecznego. Natomiast art. 83 Kodeksu Cywilnego mówi nam o nieważności złożonego za zgodą drugiej strony pozornego oświadczenia woli, jeśli jednak takie oświadczenie zostało złożone celem zatajenia innej czynności prawnej to wówczas jego prawdziwość badana jest pod względem jej właściwości. Identycznie postępuje się w przypadku czynności prawnej, której dokonanie miało na celu uniknięcie obwiązujących kanonów prawa. Czynność taka z pozoru nie łamie przepisów prawa, jednak w końcowym swym zamiarze wywołuje niezgodne z jego normami skutki.
